En un futuro lejano, cuando la Tierra está en ruinas y la humanidad ha establecido una ciudad-fortaleza móvil bautizada como “Plantación”, unos pilotos viven en Mistilteinn, la “Jaula de Pájaros”. Los niños viven allí sin conocer el mundo exterior ni la libertad. Su vida consiste en luchar y superar misiones contra unas formas de vida gigantes y misteriosas conocidas como Kyouryuu. Para enfrentarse a ellos, utilizan los robots Franxx. Un chico llamado Hiro, bautizado como Code:016 fue considerado en el pasado un verdadero prodigio. No obstante, se ha quedado atrás y su existencia parece  resultar innecesaria. No pilotar un Franxx es igual a no existir en esta sociedad. Un día, una chica misteriosa conocida como “Zero Two” aparece ante él y dos cuernos surgen de su cabeza.